Au terme d’une formation approfondie de médecine clinique et en immunologie expérimentale effectuée à l'Institut suisse de recherche expérimentale sur le cancer (ISREC) et à l'Institut de Biochimie de la faculté de Médecine de Lausanne puis au Children's Hospital, Harvard Medical School à Boston, Pierre Michetti effectue sa formation de Gastroentérologie et Hépatologie au CHUV. Au terme de sa formation, il est recruté à Boston comme médecin cadre au Beth Israel Deaconess Medical Center à Boston et comme professeur assistant à la Harvard Medical School. Il devient ensuite co-directeur du Centre des maladies inflammatoires de l’intestin au Beth Israel Deaconess Medical Center. En 2000, il rentre en Suisse, nommé Professeur ordinaire et chef du service de Gastro-entérologie et d’Hépatologie du CHUV.
Il est membre honoraire de l'European Crohn and Colitis Organisation et membre émérite de l'European Helicobacter Study Group. Il est également membre de l'American Gastroenterrology Association.
Fin 2009, il se retire de son poste de chef de service pour créer un centre de soins dédiés aux patients atteints de maladie de Crohn et de colite ulcéreuse, le premier centre de ce type en Suisse, tout en poursuivant ses recherches sur les nouvelles thérapies et la qualité des soins au sein de la cohorte suisse des patients (SwissIBDcohort ) dont il a été l'initiateur en 2005 et premier investigateur principal.
Le Pr Michetti met sa grande expérience clinique au service des patients suisses et étrangers, notamment dans le domaine des maladies inflammatoires de l’intestin (maladie de Crohn et colite ulcéreuse) mais aussi dans d’autres maladies de l’estomac ou du tube digestif.
Il est accrédité auprès des cliniques de La Source et du groupe Hislanden à Lausanne (Cecil et Bois-Cerf), où il pratique des endoscopies ambulatoires et suit des patients hospitalisés. Il est médecin agréé du service de Gastroentérologie du CHUV.